Es ist trotz gewissenhafter Behandlungsabläufe nie auszuschließen, dass eine Feile abbricht oder sich einen falschen Weg durch das Kanalsystem bahnt. Jede Wurzel ist individuell und starke Krümmungen im Wurzelbereich oder Teilungen von Wurzelkanalsystemen stellen selbst modernste Technologien vor Herausforderungen. Zähne können durch eine hohe Kaubelastung oder große Restaurationen schon vorbelastet sein, so dass ein Kanalsystem sich stark verkleinert und Kanäle zunächst gesucht werden müssen – nicht immer mit Erfolg. Hierbei kann es auch sein, dass man den Zahn an der falschen Stelle perforiert. Trotz effizienter Aufbereitung gibt es auch Bakterien, die sich nicht wegreinigen lassen und persistent sind. Diese können sich nach Jahren bemerkbar machen und zu einer Reinfektion der Wurzel führen, welche sich meist durch erneute Beschwerden am „toten Zahn“ zeigt. Die Wurzelbehandlung ist immer ein Versuch des Zahnerhalts und kann nicht in jedem Fall garantiert sein. Daher kann auch nach Abschluss der Behandlung die Zahnentfernung notwendig werden. Manchmal tritt auch im Verlauf die Erkenntnis ein, dass ein Zahn nicht gehalten werden kann, zum Beispiel weil er einen Längsriss zeigt oder eine Gewebsauflösung (Resorption) aufweist. Nicht immer ist der Grund ermittelbar, warum ein Zahn „keine Ruhe gibt“ – dann kann die Zahnentfernung der bessere Weg sein.